در سال 1376 پس از سال ها مطالعه و بررسی، برنامه آموزش دوره های کارشناسی و کارشناسی ارشد رشته راهنمایی و مشاوره را اعضاء شاخه مشاوره شورای عالی برنامه ریزی وزارت فرهنگ و آموزش عالی ابلاغ کردند. دراین برنامه به دانشگاه های علامه طباطبایی، تربیت معلم، شهیدبهشتی، شهیدچمران و دانشگاه اصفهان در مقطع کارشناسی و به دانشگاههای علامه طباطبایی و تربیت معلم در مقطع کارشناسی ارشد مجوز تأسیس دوره داده شد.
از سال 1368 اولین دوره دانشجویان کارشناس راهنمایی و مشاوره پذیرش شد و تا کنون همه ساله پذیرش دانشجو ادامه داشته است، دوره کارشناسی ارشد راهنمایی و مشاوره از بهمن سال 1377 تأسیس گردید.
از آنجاکه طبق رأی مورخ 31/5/74 شورای عالی برنامه ریزی نام رشته راهنمایی و مشاوره به مشاوره تبدیل شد و دوره کارشناسی ارشد دانشگاه ها موظف شدند و چهار گرایش به پذیرش دانشجو در چهار گرایش اقدام کنند؛ دانشگاه اصفهان در سال 1382 در دو گرایش خانواده و شغلی اقدام به پذیرش دانشجو کرد. البته مجوز دو گرایش مدرسه و توان بخشی را نیز دارا است و می‌تواند در آن دو گرایش نیز پذیرش دانشجو انجام دهد.
شورای عالی برنامه ریزی، در سیصدو سیزدهمین جلسه مورخ 6/12/1374 برنامه آموزشی دوره دکترای مشاوره را به تصویب رسانید. متعاقب آن دانشگاه های علامه طباطبایی و تربیت معلم از سال 1377 اقدام به ایجاد دوره دکترای مشاوره کردند .
دانشگاه اصفهان از سال 1385 اقدام به پذیرش دانشجو در مقطع دکتری کرد . در اولین دوره دکترای مشاوره عمومی 5 دانشجو پذیرفت ولی از آن پس در گرایش های خانواده و شغلی دانشجو پذیرفت و هم اکنون نیز در هر دو گرایش خانواده و شغلی دانشجو می پذیرد . واحدهای درسی این دوره 18 واحد درسی و 18 واحد پایان نامه است.
مدت لازم برای گذراندن دروس و تدوین پایان نامه به منظور دریافت درجه دکترای مشاوره تابع آیین نامه دوره دکتری (Ph.D) مصوب دویست هفتادوچهارمین جلسه شورای عالی برنامه ریزی مورخ 8/12/1372 می‌باشد که دو مرحله آموزشی و پژوهشی را شامل می‌شود.
دانشجو در مرحله آموزشی باید کلیه واحدهای درسی دوره دکتری و نیز امتحان جامع دوره دکتری را با موافقت بگذراند. سپس مرحله پژوهشی را آغاز کند و براساس شورای مربوط به تدوین پایان نامه دوره دکتری در زمینه مشاوره مبادرت ورزد.
درحال حاضر گروه مشاوره دارای دو استادیار و 4 دانشیار است. داشتن مرکز مشاوره بسیار خوب در دانشگاه و مراکز مشاوره متعدد در سطح شهر و مؤسسات دولتی مختلف از جمله قابلیت هایی است که برای دوره دکتری لازم است، چون محل اصلی فعالیت دانشجویان دوره دکترای مشاوره در مراکز مشاوره دانشگاهها، مؤسسات و سطح شهر است.